Indemnités journalières auto-entrepreneur : tout savoir

Conditions pour bénéficier des indemnités journalières maladie

Pour bénéficier des indemnités journalières en tant qu’auto-entrepreneur, plusieurs conditions strictes doivent être réunies :

Il faut être affilié depuis au moins douze mois à un régime obligatoire de Sécurité sociale. Cette période peut inclure une activité précédente si aucune interruption n’a eu lieu entre les deux. L’activité doit être en cours au moment de l’arrêt, sauf maintien de droits.

La caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) exige une cessation d’activité pendant l’arrêt. Le médecin doit attester de l’incapacité à travailler et vos cotisations doivent être réglées.

En 2025, il faut un revenu annuel moyen d’au moins 4 383,20 euros après abattement. Sous ce seuil, l’indemnité tombe à zéro, sauf si vous avez choisi la cotisation minimale. Les artisans et commerçants sont soumis à la même logique, même si leurs revenus varient fortement selon l’activité.

Un doute sur vos droits, vos démarches ou le calcul de vos indemnités journalières ? Notre équipe d’experts-comptables vous accompagne à chaque étape.

Le calcul indemnité journalière auto entrepreneur

Concrètement : on prend votre revenu d’activité annuel moyen (RAAM) des trois dernières années, puis on divise ce montant par 730. Cela donne le montant de votre indemnité journalière.

Mais attention, pour obtenir ce revenu moyen, il faut d’abord appliquer l’abattement forfaitaire de la micro-entreprise, qui dépend de la nature de votre activité (par exemple, 71 % pour la vente, 50 % pour les prestations de services, etc.). Ce principe est d’ailleurs utilisé par la plupart des simulateurs d’indemnités journalières auto-entrepreneur que l’on trouve en ligne.

Il existe cependant une limite :

Les revenus pris en compte pour le calcul ne peuvent jamais dépasser le plafond annuel de la Sécurité sociale, fixé à 47 100 euros en 2025. En pratique, cela signifie que le montant des indemnités journalières est limité à 64,52 euros par jour. Cette règle concerne aussi bien les artisans, commerçants que les libéraux non réglementés.

La règle de calcul est identique, que vous soyez micro-entrepreneur au régime général ou affilié à la Cipav, même si le plafond maximal est plus élevé pour ces derniers : il est alors calculé sur une base de trois PASS.

Enfin, si vos revenus ont été affectés par une situation exceptionnelle, comme la crise sanitaire, sachez que vous pouvez demander une réétude de votre dossier. Une mesure spécifique permet en effet d’écarter l’année 2020 du calcul si elle s’avère moins favorable pour vous.

Démarches à effectuer pour percevoir les IJ

Le versement des IJ commence toujours par un arrêt de travail dûment prescrit. Lorsque le médecin le rédige en ligne, la plupart des informations sont transmises automatiquement à la CPAM. Si le document est sur papier, envoyez les deux premiers volets à la CPAM dans les quarante-huit heures. Gardez le troisième volet pour vous ou pour France Travail si vous recevez une allocation.

À partir du 1er juillet 2025, seul le nouveau formulaire Cerfa sécurisé sera accepté. Il est identifiable par ses zones orange et son logo argenté. Aucun scan ni photocopie ne sera admis, ce qui vise à lutter contre les fraudes.

Les auto-entrepreneurs qui ont un emploi salarié doivent savoir que leur employeur aide la CPAM. Il transmet un formulaire spécifique pour finaliser le dossier. La démarche reste simple : dès que l’arrêt est prescrit, il faut prévenir la CPAM rapidement et respecter les délais.

Durée et limites d’indemnisation

Les indemnités sont versées à partir du quatrième jour d’arrêt, car les trois premiers jours correspondent au délai de carence. Ce délai reste valable et peut être prolongé après une courte pause. Cela s'applique aussi en cas de fausse couche ou d'arrêt pour une maladie de longue durée. Dans ce dernier cas, le délai s’applique seulement au premier arrêt dans une période de trois ans.

La durée maximale d’indemnisation atteint 360 jours sur trois ans pour les arrêts maladie ordinaires. Pour les temps partiels thérapeutiques, elle est limitée à 90 jours. Dans le cas des maladies de longue durée, l'indemnisation peut durer jusqu'à trois ans. Ces limites valent aussi lorsque les indemnités journalières en cas de maladie sont complétées par une assurance prévoyance.

Les libéraux affiliés à la Cipav sont couverts pour une période bien plus courte, limitée à quatre-vingt-sept jours.

Pour les auto-entrepreneurs qui ont un emploi et une micro-entreprise, les conditions pour obtenir des IJ salariales varient. Elles dépendent des heures travaillées. elles dépendent à la fois du nombre d’heures travaillées et du montant des cotisations versées. Plus la durée de l’arrêt maladie est longue, plus les critères à remplir sont stricts.

Cas particuliers : polyactivité, cumul emploi-retraite, professions libérales, anciens salariés

Les situations de polyactivité compliquent souvent la lecture des droits. Un auto-entrepreneur qui a un emploi salarié est souvent couvert par le régime général pour cette activité. Ses IJ sont calculées sur son salaire.

Cependant, il peut choisir d'être rattaché à un autre régime. Il est donc important, lorsqu’on exerce une activité mixte, de bien distinguer les droits ouverts au titre de chaque activité professionnelle.

Les conditions d’ouverture des droits varient ensuite selon la durée de l’arrêt. Pour un arrêt de moins de six mois, il faut avoir travaillé au moins cent cinquante heures. Cela doit être dans les trois derniers mois. Ou bien, il faut avoir cotisé sur un salaire suffisant pendant les six derniers mois.

Pour un arrêt de plus de six mois, il faut avoir douze mois d’immatriculation. Il faut aussi avoir soit six cents heures de travail, soit un salaire d’au moins deux mille trente fois le SMIC horaire.

Les personnes qui viennent de créer leur micro entreprise et qui ont des revenus faibles peuvent être indemnisées. Cela peut se faire à partir de leurs anciens droits de salarié. Dans ce cas, les indemnités journalières sont calculées sur les anciens salaires. Elles ne sont pas basées sur le faible revenu d’activité annuel de la micro-entreprise.

Dans le cas des activités libérales, la situation dépend du régime d’affiliation. Les professionnels relevant de la CNAVPL bénéficient d’une indemnisation limitée à trois mois. Celles et ceux dépendant du régime général pour leur retraite sont indemnisés selon les mêmes règles que les artisans et commerçants.

Pour un travail pour maladie, les règles pour les IJ restent similaires. Cela s'applique aussi bien aux professions libérales non réglementées qu'aux activités artisanales.

Fiscalité, prélèvements sociaux et démarches annexes

Les indemnités journalières sont soumises à la CSG et à la CRDS, pour un total de 6,7 %. Elles sont aussi imposables, sauf lorsqu’elles sont liées à une affection de longue durée. Le prélèvement à la source s’applique automatiquement, selon le taux transmis par l’administration fiscale.

Le compte ameli permet de vérifier le montant imposable, le taux appliqué et les retenues opérées. Il est conseillé de conserver tous les relevés d’indemnisation, car ils servent aussi de justificatifs pour la retraite.

Sanctions et fraude

Acheter ou utiliser un faux arrêt de travail expose à des risques importants. Il s’agit d’un document obtenu sans consultation médicale, parfois en échange d’argent ou sur internet, et il constitue une fraude. L’assurance Maladie peut demander le remboursement total des indemnités reçues par erreur. Elle peut aussi appliquer des pénalités jusqu'à trois fois le montant dû.

Les poursuites pénales peuvent être faites pour faux, usage de faux ou escroquerie. Les peines peuvent aller Jusqu’à 7 ans de prison et 750 000 euros d’amende.

Un arrêt valable doit être prescrit par un professionnel de santé habilité, en consultation ou en téléconsultation, sur un formulaire sécurisé. Les téléconsultations ne peuvent pas dépasser trois jours sauf pour le médecin traitant ou la sage-femme référente. Les questionnaires en ligne ne constituent pas une consultation et les dentistes ne pratiquent pas la téléconsultation pour ce type d’acte.

Aides complémentaires en cas de difficulté

Les travailleurs indépendants en difficulté peuvent solliciter le dispositif « Help », qui associe l’Urssaf, la CAF, l’Assurance retraite et l’Assurance Maladie. Un questionnaire unique permet d’orienter la demande vers l’organisme compétent, qui étudie ensuite la situation et propose les actions adaptées. Un suivi par mail permet de suivre l’avancée du dossier.

Pour sécuriser ses revenus en cas d’arrêt prolongé, il est possible de souscrire une assurance prévoyance. Ce contrat complète les IJ et offre une protection plus large en cas d’incapacité partielle, temporaire ou définitive. Cela est important quand les indemnités journalières versées par la Sécurité sociale ne suffisent plus.

Questions fréquentes et situations pratiques

Comment transmettre l’arrêt maladie lorsqu’on est à la fois salarié et auto entrepreneur

Il faut envoyer l’arrêt à la CPAM pour l’activité indépendante. Généralement, cela se fait par courrier ou par mail. L’employeur transmet de son côté les informations pour la partie salariée.

Peut-on continuer à travailler en auto entreprise pendant un arrêt maladie

Non, sauf autorisation médicale précise. Toute activité non autorisée peut entraîner une suspension des droits. Dans le doute, il est mieux de vérifier avant de reprendre son activité professionnelle indépendante. Sinon, on risque de perdre le droit de percevoir des indemnités journalières.

Les médecins peuvent-ils prescrire un arrêt de travail en téléconsultation

Oui, mais dans la limite de trois jours, sauf pour le médecin traitant qui peut aller au-delà. Les questionnaires automatisés ne sont pas considérés comme une consultation et les dentistes ne prescrivent pas d’arrêt en téléconsultation. Pour un arrêt plus long, notamment en cas d’arrêt maladie de longue durée ALD, une consultation classique reste la règle.